受理人民陳情案件之處理程序
依據：「本局人民陳情案件處理程序及管制作業要點」
（一）案件之區分：
     由分文人員區分出人民陳情案件，並於函件適當處加蓋「人民陳情案件」戳記。
（二）案件之管制：
     1.分文人員於區分出人民陳情案件後，將陳情書送交服務科（課、股）管制人員，於編註列管號碼、預定結案日期，同時影印乙份作為管制考核之用後，原案退還分文人員。
     2.各單位承辦人員應於人民陳情案件結案發文時，將副本抄送服務科（課、股）並註明人民陳情案件列管字號。服務科（課、股）收到副本後，應確實審核是否結案，據以存檔銷案。
     3.各列管單位應於每月三日前將上月之陳情案件完成建檔，並列印人民陳情案件處理時效統計分析表，陳單位主管核閱。
（三）案件之催辦：
     1.除法令另有規定外，應於規定期限內辦結，惟不得逾三十日，因故未能在期限內辦結者，應先簽請核准延期，並以定稿先行函復陳情人，以釋其疑慮，且副知服務科（課、股）。
     2.各單位承辦人處理人民陳情案件未能於期限內辦結且未經簽准延期者由服務科（課、股）填發催辦單送交承辦人員填復，並督促承辦人員以定稿先行函復陳情人並副知服務科（課、股）。
     3.涉 及兩個以上承辦單位之人民陳情案件，如屬可同時辦理者，收文單位應於收文時即影印資料併同原件先送服務科（課、股）列入管制後再送其他承辦單位，如屬流程 辦理者，亦應儘速辦理轉送其他承辦單位續辦，如有逾期未能辦結且未經簽准延期者，應由逾限之承辦單位填復催辦單且以定稿先行函復陳情人並副知服務科（課、 股）。

受理「申訴中心」案件之處理程序
依據：「本局納稅義務人申訴中心及申訴熱線設置作業要點 」
（一）納稅義務人向本局提出申訴案件，由服務科指派專人負責受理，填具受理紀錄表並予列管後，移送本局相關單位處理。    
（二）納稅義務人申訴中心，由局長指派善於溝通協調之高級人員兩人，負責申訴案件之面談，面談之進行，必要時，有關單位主管及主辦人員應到場說明，並提供相關法令及資料備詢。    
（三）案件之管制、稽催則依上述「本局人民陳情案件處理程序及管制作業要點」規定辦理。    

本局接收民意電子信箱信件處理作業程序
依據：「本局處理民意電子信箱作業注意事項」
（一）由服務科指定專人每日上班時間上午十時、下午十四時開啟信箱收取信件，並逐件編號分類，以為控管。    
（二）承辦人員收到由民意電子信箱轉來之信件，應以最速件處理，送判完成後，以E-MAIL方式回覆納稅人，並副知服務科銷案。    
（三）若因民眾誤投民意信箱之案件，由管制人員依程序轉交相關單位處理或逕復納稅人。    
（四）各承辦單位收受民眾信件，若案情複雜無法於期限內回覆者，應先行簡復，以釋疑慮。