組織沿革：
81.09.01─南投分局成立，人員、業務移撥及培訓。
82.11.01─推動多功能櫃台作業。
83.09.01─推動遺產及贈與稅櫃台作業。
85.11.04─搬遷辦公大樓。
87.01.01─實施兩稅合一。
90年度起─推動公文電子化。
92.01.01─營業稅收回國稅局自徵。
97年度─重新整修檔案庫房、閱覽室，提供優質典藏及閱覽環境。
97年度榮獲第七屆機關檔案管理金檔獎。
102.01.01─因應組織再造，機關名稱由「財政部臺灣省中區國稅局南投縣分局」更名為「財政部中區國稅局南投分局」。
109.08.03─搬遷辦公大樓。
組織架構及職掌：
| 營所遺贈稅課 |
綜所稅課 |
| 營利事業所得稅結算申報案件收件、審查、核定、開徵、發單及取證 營利事業所得稅簡易違章案件之審理及裁罰 遺產及贈與稅申報案件收件、審查、核定及開徵、發單及取證 證券交易稅及期貨交易稅稽徵業務 |
綜合所得稅申報案件收件、審查、核定、開徵、發單及取證 外僑綜合所得稅申報案件收件、審查、核定、開徵、發單及取證 綜合所得稅簡易違章案件之審理及裁罰 綜合所得稅課稅資料蒐集、整理、建檔及保管 扣繳、非扣繳資料業務、執行業務及其他所得調查核定 房地合一申報案件收件、查核、開徵、發單、退稅及取證 |
| 銷售稅課 |
服務管理課 |
| 營業稅申報案件(含媒體申報)、審查、核定、開徵、發單及取證 營業稅簡易違章案件之審理及裁罰 營業稅違章檢舉案件查緝 營業稅稅籍管理 統一發票之管理 菸酒、貨物稅及特種貨物及勞務稅稽徵作業 |
納稅服務 租稅教育及宣導 企劃管考業務 欠稅管理 稅款劃解及退稅管理 文書、收發文、檔案管理、庶務、出納業務 電腦設備管理、登錄站作業及列印作業 全功能櫃檯業務 |
| 人事室 | 主計室 |
| 人事管理業務 政風業務 |
歲計 |