組織沿革：
本所為財政部中區國稅局所轄最南邊的一個稽徵所，轄區包括北港鎮、元長鄉、口湖鄉、四湖鄉、水林鄉等五個鄉鎮，產業型態以農、漁、牧為主；轄區面積約344.06平方公里占全縣總面積之26.65%，截至111年10月底止，人口數132,366占全縣總人數之19.92%。工商家數：5,868家，一般營業人2,600家、小規模營業人，3,268家，貨物稅廠商2家、菸酒稅廠商1家。
組織架構及職掌：
| 營所遺贈稅股 |
| 營利事業所得稅結算申報案件收件、審查、核定、開徵、發單及取證 營利事業所得稅簡易違章案件之審理及裁罰 遺產及贈與稅申報案件收件、審查、核定及開徵、發單及取證 證券交易稅及期貨交易稅稽徵業務 企劃管考業務 欠稅管理 稅款劃解及退稅管理 庶務 |
| 銷售稅股 |
| 營業稅申報案件(含媒體申報)、審查、核定、開徵、發單及取證 營業稅簡易違章案件之審理及裁罰 營業稅違章檢舉案件查緝 營業稅稅籍管理 統一發票之管理 菸酒、貨物稅及特種貨物及勞務稅稽徵作業 出納業務 電腦設備管理 |
| 服務管理股 |
| 綜合所得稅申報案件收件、審查、核定、開徵、發單及取證 外僑綜合所得稅申報案件收件、審查、核定、開徵、發單及取證 綜合所得稅簡易違章案件之審理及裁罰 綜合所得稅課稅資料蒐集、整理、建檔及保管 扣繳、非扣繳資料業務、執行業務及其他所得調查核定 房地合一申報案件收件、查核、開徵、發單、退稅及取證 納稅服務 租稅教育及宣導 文書、收發文、檔案管理、登錄站作業及列印作業 全功能櫃檯業務 |